Windowsのアイコンが違う：ファイル、ショートカット、アプリ？
ダウンロードを置き換えても既存のショートカットや起動中のアプリは変わらないことがあります。参照元を調べます。
固定の保存先を使う
ICOを常設フォルダーへ保存。通常のショートカットはプロパティの「アイコンの変更」が使える場合に指定します。後で移動すると参照が切れ、実行ファイル自体は変わりません。
表示場所を分ける
デスクトップ、起動中のアプリ、タスクバーは別の素材を使う場合があります。自作アプリはフレームワークやパッケージ設定を変更して再ビルド。他社の実行ファイルは編集しません。
比較用を作る
同じ対象とアイコンで新規ショートカットを作成。古い方だけ異常なら参照やキャッシュ、両方ならサイズと符号化を調べます。Windowsとアプリの版も記録します。